1) Клоны тупо выполнили приказ, они были обязанны, их никто не спрашивал. Они джедаев уважал за боевые навыки, не более.
2) Ты читал про республиканских коммандос, это отдельная тема. Они более свободно себя ведут, хотят таких всего 2 отряда было. Вот эти 2 отряда скорее всего не выполнят приказ, об этом скоро книга выйдет "Республиканские коммандос Приказ 66"
3) Насчет джедаев трудно сказать, вроде упомяналось, что их 20тысяч. Но сказали, что на Джеонозисе половина ордена сдохла. К тому же, нахрена отправлять стока много народу, они не ожидали, что там такое сопротивление будет.